É a área responsável por planejar, orientar, integrar, supervisionar e coordenar as atividades de inteligência, mantendo um canal técnico interligando-se ao Centro de Inteligência da Polícia Militar, à Divisão de Inteligência Policial da Polícia Civil e ao Centro de Inteligência do Corpo de Bombeiros Militar. Tem como principal função o assessoramento do Secretário de Segurança nos assuntos de Inteligência que é realizado por meio de produção de conhecimento específico.
Dentre outras atribuições, à Subsecretaria de inteligência cabe subsidiar a elaboração de diretrizes e de planos operacionais da Subsecretaria de Operações Integradas, bem como de outras unidades e órgãos governamentais, quando autorizada pelo Secretário de Segurança.
